到着した試料を細かく粉砕します。理化学試験用の機器から、家庭用フードプロセッサー、ミキサーなどを使用して行います。

試料水の性状を確認し、試験に必要な量を分取します。

多くの試料を同時に取り扱うため、取違いのないよう、すべての試料にラベルを貼付します。各試料の作業段階を確認する重要な操作です。

試料中の化学物質を、有機溶媒等の液体に抽出後、その溶液から目的物質を取り出します。

ガスクロマトグラフタンデム型質量分析計（GC/MS/MS）を用いて、精製後の試料を測定します。特に農薬分析では高頻度に使用する機器です。

液体クロマトグラフタンデム型質量分析計（LC-MS/MS）を用いて、測定・解析を行います。化学分析では広く利用される機器です。