NEDOは自身で研究開発を進めるのではなく、マネジメント機関として、企業や大学等に資金を配分すると共に、研究開発が効果的に進むようサポートすることで、一者では解決が困難な課題の解決を目指しています。具体的には、国として取り組むべき技術開発プロジェクトを企画し、その技術を開発する実施者（企業や大学等）を決定します。そしてプロジェクトの成果を社会に出すために、評価を行ったり、知財・標準化の戦略を考えたりして実用化につなげていきます。

NEDOは公的機関として、自社の利益追求ではなく、「真にエネルギー・地球環境問題を解決するためにはどのようなプロジェクトを実施すべきか」、「様々な社会課題を解決するためにはどのように日本の産業技術力を強化していけば良いか」を高い志を持って考え、解決していくことができます。

プロジェクトマネジメントにおいては、プロジェクトに直接関わるだけではなく、予算の管理や総務・経理等機構内業務の総合調整、効率的な組織運営も大切な業務です。職員は若いうちから様々な部署で責任のある仕事を任され、日々活躍しています。また、約3年単位で実施されるジョブローテーションを通じ、様々な部署で経験を積むことができます。